A260/A230 の比率が低いのは、通常、230nm に最大吸収波長を持つ不純物が原因です。これらの不純物には何が含まれるかを見てみましょう。
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一般的な汚染物質
吸収波長
レシオ効果
タンパク質
~230nmおよび280nm
Aの同時減少260/A 280そしてA260/A 280比率
グアニジン塩
220~240nm
Aを減らす260/A 280比
フェノール
~270nm
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トリゾール
~230nmおよび270nm
Aを減らす260/A 280比
EDTA
~230nm
Aを減らす260/A 280比
エタノール
230~240nm
Aを減らす260/A 280比
一般的な汚染物質の吸収波長とコントラスト値
Pタンパク質汚染
タンパク質汚染は、核酸抽出プロセスで最も一般的な汚染と見なすことができます。タンパク質は上部の水相と下部の水相の間に存在します。オーガニック段階 。汚染は A260/A280 と A260/A230 の比を同時に減少させますが、A260/A230 の比は A260/A280 の比よりも明らかに変化します。
その後の逆転写or qPCR反応, タンパク質残基は酵素の機能を阻害または妨害する可能性があります。タンパク質のコンタミネーションを避ける最善の方法は、上清を吸引する際に「多めではなく、少量を何度も」の原則を念頭に置くことです。
2. グアニジニウム汚染
塩酸塩 (GuHCl) とチオシアン酸グアニジン (GTC) にはタンパク質を変性させる効果があり、核酸抽出プロセス中に細胞膜を急速に破壊し、タンパク質の変性と沈殿を引き起こす可能性があります。GuHCl と GTC の吸収波長は 220 ~ 240 nm であり、残留グアニジニウム塩は A260/A230 の比率を低下させます。。グアニジニウム塩が残留すると比率は低下しますが、下流の実験への影響は実際にはごくわずかです.
3. トリゾール汚染
トリゾールの主成分はフェノールです。フェノールの主な機能は、細胞を溶解し、細胞内のタンパク質や核酸物質を遊離させることです。フェノールはタンパク質を効果的に変性できますが、RNase 活性を完全に阻害することはできません。したがって、内因性および外因性のRNaseを阻害するために、8-ヒドロキシキノリン、グアニジンイソチオシアネート、β-メルカプトエタノールなどがTRIzolに添加されます。
細胞 RNA を抽出する場合、Trizol は細胞を迅速に溶解し、細胞から放出されるヌクレアーゼを阻害することができ、残留した Trizol は A260/A230 の比率を大幅に低下させます。
処理方法: 遠心分離する場合、トリゾール中のフェノールは 4°、室温の条件下で水相に容易に溶解することに注意する必要があります。
4. エタノール残留物
エタノールは最終プロセスで使用され、DNA に結合している可能性のある塩イオンを溶解しながら DNA を沈殿させます。最も高い吸収波長の吸収ピークエタノールも 230 ~ 240 nm です。A260/A230の比率も低下します.
エタノール残留物を避ける方法は、最終溶出中に 2 回繰り返すことができます。換気フード溶出用の緩衝液を加える前に、エタノールを完全に蒸発させるために 2 分間放置します。
ただし、この比率は RNA の品質の評価指標にすぎないことを知っておいてください。上記の操作が厳密に規制されていれば、比率と標準範囲との乖離が後段の実験に大きな影響を与えることはありません。
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投稿日時: 2023 年 2 月 10 日